דיקור יפני התפתח בעיקר בשתי המאות האחרונות ביפן.
בהיותו זרם חדש יחסית, הוא מכונה "אקופונקטורה מודרנית".
המילה "מודרנית" מתייחסת גם לאופי הבעיות בהן מסוגל דיקור יפני לטפל בהצלחה מרובה:בעיות רפואיות שהוגדרו או התגלו במאה ה-20, כגון: מחלות עיכול שונות, מחלות של מערכת העצבים, בעיות נוירולוגיות ובעיות הורמונליות.
ישנו דמיון רב בין נקודות הדיקור והעקרונות של דיקור סיני ושל דיקור יפני, אך ישנם מספר דברים המייחדים את הדיקור היפני לעומת הדיקור הסיני:
התאמת נקודות הדיקור נעשית בהתאם למציאת רפלקסים הנמצאים על גבי הבטן, עמוד השידרה, הצוואר ואיזורים אחרים בגוף.
הרפלקסים מרמזים על שורש הבעייה.