מערכת העצבים האוטונומית אמורה לנוע בין מצב עוררות לבין מצב מנוחה. אצל אנשים עם פוביות קשות וכרוניות, המערכת לעיתים קרובות תקועה בצד ה'סכנה'. הגוף מייצר רמות קורטיזול גבוהות לאורך זמן, מערכת החיסון ומערכת העיכול מושפעות, והתגובה לפחד הופכת מגוזמת בהרבה יחסית לאיום האמיתי.

טראומות ישנות שלא עובדו, קונפליקטים רגשיים שמצטברים, חוויות אובדן או שינויי חיים - כל אלה יכולים לחפש 'כתובת' שמחוץ לנושא האמיתי. הפחד ממעופים יכול לשאת בתוכו פחד עמוק יותר מאובדן שליטה.

יש שכבה נוספת שחשוב להזכיר בעדינות: אצל חלק מהאנשים פוביה מופיעה אחרי חוויות כמו חוויית סכנה בילדות, אובדן שליטה חד, חוויה טראומטית שלא קיבלה ביטוי או הכרה. הגוף זוכר את החוויה הזו ברמה ביולוגית עמוקה, והפחד לעיתים הוא הביטוי שלה. לא תמיד יש קשר ישיר בזמן, ולא תמיד זה מודע. אבל כשמטפלים ברובד הזה ישירות, פעמים רבות גם הסימפטום הפיזי מתחיל להשתנות.

ויש שכבה עדינה נוספת שכדאי להכיר בלי שיפוט: לפעמים הפחד 'מגן' עלינו ממשהו. לפעמים הפוביה מונעת מאיתנו להיכנס למצבים שבעומק אנחנו לא מוכנים להם. הגוף, במובן מסוים, עוזר לנו להישאר במקום המוכר. ההבנה הזאת לא מורידה מן הסבל - אבל היא פותחת דלת לשינוי אמיתי.